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目前的研究多侧重于采用非靶向代谢组学分析方法来寻找生物标志物，而发现的潜在标志物多有重叠，缺少量化信息。为此，开展了针对这些标志物的UPLC-MS/MS定量分析——靶向代谢组，主要是以标准品为参照，对特定的代谢物群进行有针对性地、特异性地检测与分析。

脂质组学研究对象主要包括脂肪酸、甘油脂、甘油磷脂、鞘脂、固醇脂、孕烯醇酮脂、糖脂、多聚乙烯共八类。脂质结构的多样性赋予了脂质多种重要的生物功能。

与靶向代谢组学相比，非靶向代谢组学的特点在于对所有小分子代谢物进行精准、高通量的测定，因此得到的代谢物信息更客观全面，从而避免研究的方向性错误。

对于临床研究中数量庞大的、复杂的、个体差异大的样本，DIA提供条件统一、无差别的质谱采集方法，对样本进行高通量、高速度采集，所得数据再进行深入解析和挖掘，是临床蛋白质组学研究的利器。

PRM是一种靶向蛋白定量方法，基于高分辨、高精度质谱的离子监测技术，可实现目标肽段的靶向筛选，采集其所有子离子信息，从而对目标蛋白质/肽段进行绝对/相对相对定量。

iTRAQ技术采用4种或8种同位素编码的标签，TMT技术采用6、10、11及16种标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，然后进行串联质谱分析，能够同时比较多达16种不同样本中蛋白质的相对含量。是近年来差异蛋白质定量分析方法中通量最高、系统误差最小、功能最强大的分析方法之一。

蛋白质的磷酸化修饰是生物体内重要的共价修饰方式之一。磷酸化修饰本身所具有的简单、灵活、可逆的特性，以及磷酸基团供体ATP的易得性，使得磷酸化修饰被真核细胞接受为一种最普遍的调控手段。

非标记定量技术（Label Free）通过液质联用平台对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，无需使用昂贵的稳定同位素标签做标记，只需根据质谱数据比较不同样品间相应肽段的信号强度或谱图数，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。

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